En nenos pequenos, en caso de anormalidade hormonal, o tratamento pode consistir en inxeccións de Testosterona, cuxa dosificación e regularidade son fixadas polo endocrinólogo. Este tratamento ben seguido aumenta o tamaño do pene. Cando o micropene é causado por tecidos do pene que son insensibles á testosterona, este tratamento hormonal non ten efecto.

Canto antes se detecte o micropene, canto máis rápido se poña en marcha o tratamento, máis eficaz será. O tratamento tamén pode ser necesario na puberdade. Despois da puberdade, o tratamento hormonal xa non é eficaz porque os tecidos xa non reaccionan do mesmo xeito.

Tratamento cirúrxico do micropene     

Na idade adulta, cando o micropene non foi tratado ou cando o tratamento non foi suficientemente eficaz, o cirurxía é posible. Non obstante, non sempre presenta resultados convincentes.

A sección do ligamento suspensorio do pene, que vai dende o pene ata o pube, pódese ofrecer. Non modifica o pene de ningún xeito senón que o desprende parcialmente do pubis, facendo que pareza máis longo. A ganancia observada é de 1 a 2 cm en estado flácido e 1,7 cm en erección. Este alongamento adquírese a costa dun pene erecto inestable, xa que está menos unido ao pube, o que pode facer que a penetración sexa menos fácil.

Ainxección de graxa autóloga implica inxectar a graxa do suxeito baixo a pel do seu pene. Isto non alonga o pene de ningún xeito, pero visualmente faino máis groso. Só unha parte da graxa posta en marcha non é absorbida polo corpo ao longo do tempo (entre un 10 e un 50% segundo o tema). A reabsorción pode ser desigual e levar a un aspecto do pene "rosario".

O micropene pode ter importantes repercusións psicolóxicas, sobre todo durante a adolescencia, é importante que se axude á persoa e se teñan en conta as súas dúbidas.